Kościół pw. św. Jana Chrzciciela został zbudowany w 1753 roku. Ufundował go Adam Czartoryski jako świątynię parafialną dla obrządku rzymskokatolickiego. W 1788 roku władze austriackie przekształciły świątynię w cerkiew greckokatolicką pw. Podwyższenia Krzyża Świętego. W tym obrządku świątynia służyła do celów kultu do 1947 roku. W latach pięćdziesiątych zamieniono ją na magazyn PGR.

W połowie lat 80. XX wieku, dawna cerkiew była remontowana i przejęta przez miejscową parafię rzymskokatolicką, jako kościół pw. św. Jana Chrzciciela. Od 1993 roku przez kilkanaście lat kościół ten był udostępniany wiernym obrządku greckokatolickiego. Następnie pełnił funkcję domu przedpogrzebowego.

Z powodu pogarszającego się stanu technicznego obiektu, celem utrzymania ładu architektonicznego, w 2016 roku gmina Sieniawa przejęła obiekt w użytkowanie w celu uzyskania dofinansowania z programu ochrony zabytków. Prace renowacyjne i budowlane przy kościele św. Jana Chrzciciela trwały zaledwie 10 miesięcy. Wykonawcą było Konsorcjum: TEXOM Sp. z o.o. i AC Konserwacja Zabytków Piotrowski, Kosakowski Sp. j. Koszt całkowity renowacji świątyni to 4,5 mln zł, przy dofinansowaniu 3 mln zł w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Podkarpackiego na lata 2014–2020. W 2014 r. podczas przygotowań do gruntownego remontu odkryto w kościele zabytkową polichromię z połowy XVIII w., zarówno wewnątrz, jak i na zewnątrz świątyni. Dziś podziwiać można wielki kunszt konserwatorów. Wewnątrz świątyni są jeszcze XIX-wieczne malowidła, które przedstawiają postacie z profilu i z tyłu, co jest pewną rzadkością. Kiedy rozpoczął się remont świątyni, odkryto w niej dwie krypty – jedną pod prezbiterium, drugą pod kruchtą. Ustalono, że spoczywa w nich 93 osoby.

7 października 2018 roku abp Adam Szal poświęcił odnowiony kościół. Obecnie pełni rolę kaplicy przedpogrzebowej, miejsca spotkań duszpasterskich i ekumenicznych.

Dzięki zaangażowaniu burmistrza Miasta i Gminy Sieniawa Adama Wosia i przychylności Rady Miejskiej w Sieniawie w marcu 2019 r. świątynia została wyposażona w organy kościelne VISCOUNT UNICO CLV 6 wraz z zestawem nagłaśniającym. Organy posiadają dwa manuały z opatentowaną klawiaturą „Tracker Touch”. Klawiatura nożna i 2 manuały to 35 rejestrów głosowych. Instrument tej klasy wykorzystywany jest podczas wielu koncertów muzyki organowej i kameralnej, organizowanych w kraju i za granicą. Używany jest między innymi w Filharmonii Warszawskiej, w Sanktuarium Jasnogórskim i w wielu szkołach muzycznych. W sąsiedztwie organów został zamontowany prospekt piszczałkowy, wykonany według tradycyjnej technologii organów piszczałkowych. Później przyszedł czas na nagłośnienie, ogrzewanie, nowe ławki i pełne wyposażone prezbiterium. Jest ołtarz, ambonka, naczynia czy sedilia przeznaczone dla celebransa i służby liturgicznej.

W czasie trwania remontu, w zakamarkach kościoła św. Jana Chrzciciela odnaleziony został kielich, ufundowany niegdyś przez parafian księdzu proboszczowi Maciejowi Hebdzie. Był zniszczony, dlatego obecny proboszcz parafii w Sieniawie ks. Jan Grzywacz oddał go do renowacji. Wtedy ujawniła się na nim piękna dedykacja, początkowo trudna do rozczytania:

„Pamięci pięćdziesięcioletniego kapłaństwa księdzu Maciejowi Hebdzie proboszczowi sieniawskiemu wdzięczni parafianie 1879 r.” Kielich był używany jeszcze 9 lat w świątyni parafialnej, właśnie tutaj, w kościele św. Jana Chrzciciela, zanim parafia została przeniesiona do klasztoru ojców Dominikanów, gdzie znajduje się obecnie. Kielich jest wykorzystywany podczas sprawowanych w świątyni liturgii.